1、分级储藏。

   棉籽的耐储性与收获期有很大关系。霜降前收获的棉籽较易保管；霜降后收获的棉籽不宜长期储藏。因此，这两种棉籽要尽可能分开储藏。此外，棉籽还应根据水分高低分级储藏。棉籽的安全水分冬季为14%，春秋季为13%，夏季为12%。

   通常水分12%以下的棉籽，在冬季趁低温堆垛或入仓，可较长期储藏；水分12--13%的棉籽，一般只宜短期储藏，而且必须加强检查，掌握堆内温度变化情况，如有发热现象，要及时加工或通风、曝晒、降温散热。

   2、不同棉籽分别储藏。

   毛棉籽具有较高的抗潮、抗压及密闭性能，可以进行露天储藏，但脱绒棉或种用棉籽，仍以库内储藏为宜。

   ①毛棉籽露天储藏：毛棉籽露天储存，要选择好地基（地势高，通风排水良好），因地制宜做好垛底铺垫工作，并将棉籽水分降至12%以下，然后选择气温较低的天气进行堆垛。堆垛的形状，一般底部为长方形，上部为椭圆形。大垛可储存棉籽20万公斤，小垛约储存棉籽8--10万公斤（每立方米毛棉籽约260公斤）。

   棉籽露天不苫盖储藏，根据湖北省棉区的经验，从10至12月，一般保持原有垛温，第二年1--2月垛温逐渐下降，3--4月逐渐随气温回升，但上升缓慢，从第一年10月至第二年4月为安全期，5月就开始进入不安全期。在储藏期间，棉籽水分变化很小，雨后检查，一般仅表层棉籽透湿1--2粒，天气转晴，水分很快蒸发。但须注意的是垛面由于受雨，经过干湿变化，容易变松，鸟雀取食，也易造成垛面不平整，故须在储藏期间经常检查，在风雨天后更应注意检查，发现变形，应及时拍打平整坚实，以防雨水浸入。

   ②脱绒棉籽（光籽）由于皮壳受损，防潮性差，易受外界环境影响，一般不宜直接露天存放，但可采用脱绒棉籽堆垛外围覆盖毛棉籽的方法露天储存，但对发芽率稍有影响，在实践中如严格控制棉光籽水分在10--12%，趁低温季节堆垛，并加强管理，保持垛身紧密无缝，是能保持脱绒棉籽在露天安全储藏的。

   ③露天储藏的注意事项：在露天储藏过程中，要随时注意保持垛面坚实光滑，防止漏雨及鸟雀取食使垛变松。在梅雨季节，要做好防潮、防漏工作。同时要加强检查，注意垛温变化。检测垛温时，温度计要自下而上斜插入垛内，使洞口向下，防止雨水浸入。如遇局部发热、局部浸水时，可将棉籽局部挖出处理，然后用干棉籽填补挖出的洞口，而且必须与原垛棉籽结成一整体，并拍打结实，保持垛面紧密、平整、光滑。如垛温高出气温，全垛有发热趋势，即应进行处理。处理的方法，冬季可进行倒垛，春季可利用晴天早晚倒垛通风，夏季可进行灌包码通风垛或提前发出加工。干燥棉籽容易自燃，保管中要注意防火，防止在密闭的情况下棉籽堆内产生的热量不易散发，逐渐积聚达到一定温度而自燃。故在大型棉籽垛中最好埋设一些编织的通风笼，，以利于散热降温，防止自燃。此外，还要做好防虫防鼠工作，棉籽储藏期间的主要害虫是棉花红铃虫，能降低棉籽的出油率，是检疫对象，发现虫害后可用磷化铝进行熏蒸处理。另外发现老鼠危害，应用灭鼠剂进行防治。