.资金结构缺乏合理性。国家对粮食补贴各项资金投入的比例不尽合理。2012年，促进粮食增产具有较强效应的良种补贴和农机具购置补贴在补贴资金总额中所占的比重较小，分别只有16.25%和11.32%。促进粮食增产和农民增收效应较弱的粮食直补资金支出占11.58%、农资综合补贴占62%。粮食补贴资金支出结构中，农资综合直补资金投入增长过快，而生产性专项补贴资金的投入力度有待加大。

3.农民增收目标与粮食增产目标缺乏有效耦合。从长远看，必须考虑到农业补贴所带来的农产品结构性过剩、农业竞争力下降以及财政负担重等现实问题。由于粮食增产和农民增收的目标之间缺乏有效耦合，虽然国家近几年对种粮农民的补贴力度逐年加大，农民收入水平也有所提高，但粮食生产的比较效益低下，种粮农民与从事其他产业的农民之间的收入差距越来越大。这极大地影响农民的种粮积极性，危及到我国粮食的长期安全。

4.粮食补贴运行程序繁琐，政策执行成本高。粮食补贴涉及财政、农业、粮食企业和金融等多个部门，各部门之间缺少必要的信息共享，造成人力、物力、财力的重复，降低了粮食补贴政策的效率。另外，粮食补贴种类繁多，对象分散，要想在规定的时间内，分文不差地发放到种粮农户手中，任务之重、难度之大、政策执行成本之高，超出想象。

5.补贴对象缺乏针对性，补贴政策缺乏差异化。现行粮食补贴基本以地区为主，同一地区补贴标准基本相同，类似于“普惠制”的补贴模式。这种补贴模式，实际上是把对粮食的补贴扩大为对整个农业的补贴，对种粮农民的“特惠”政策扩大为对全体农民的“普惠”政策，越来也接近于社会保障计划，有悖于粮食补贴政策的设计初衷。同时，粮食补贴政策较少考虑到农户的特征差异性，随着农村劳动力转移和土地流转的加快，农户粮食生产的预期目标也将产生差异化，是满足家庭消费还是市场上销售，从而对补贴政策的反应也存在明显的差异。

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